Высшей точкой партизанской войны против Германии были две операции в 1943 году. В тот период в результате действия Осназа в партизанских соединениях был наведен порядок: они были «очищены» и переведены под жесткий контроль центра. В результате работы Спецназа партизанское движение научилось последним достижениям ведения войны и более современной технике саботажа.
В течение шести недель с августа по сентябрь 1943 года была проведена операция, известная как «Война на рельсах». Было выбрано очень удачное время. Это был момент, когда советские войска, измотав немецкую армию в оборонительной битве под Курском, внезапно сами перешли в наступление. Для поддержки развития мощнейшей операции было решено парализовать вражеские подвозные пути, не давая противнику подвозить амуницию и горючее для войск, делая невозможным для него перебрасывать резервы. В операцию было вовлечено 167 партизанских отрядов общей численностью 100 000 человек. Все отряды Спецназа были посланы за линию фронта для помощи партизанам. Более 150 тонн взрывчатки, более 150 километров проводов и свыше полумиллиона детонаторов было переброшено по воздуху в партизанские отряды. Отрядам Спецназа было приказано полностью выполнить их задачи. Большинство из них действовали независимо в наиболее опасных и важных местах, но они также выделяли людей для инструктирования партизанских отрядов по использованию взрывчатки.
Операция «Война на рельсах» проводилась одновременно на территории по фронту более 1000 километров и в глубину более 500 километров. В первую же ночь действия этой операции на железнодорожных линиях было произведено 42 000 взрывов, и активность партизан возрастала с каждой ночью. Немецкое высшее командование бросило огромные силы для обороны коммуникационных линий, поэтому каждую ночь были слышны не только звуки взрывов мостов и железнодорожных линий, но и звуки битвы с немецкими войсками, поскольку партизаны с боем прорывались к месту диверсий. Всего во время этой операции было взорвано 215 000 рельсов, 836 эшелонов, 184 железнодорожных и 556 автомобильных мостов. Также было уничтожено огромное количество вооружения и боеприпасов противника.